深澳發電廠舊有發電機組已於96年停機，台電公司規劃於電廠原址改建2部80萬瓩級之高效率超臨界燃煤發電機組，總熱效率可達44.5%以上(以LHV為基準)。同時，為因應電廠每年約420萬噸的燃煤需求，將於電廠附近的蕃子澳西側海域(屬台北縣瑞芳鎮轄區)興建1席專用卸煤碼頭。前述計畫已於民國95年奉行政院核定為重大建設計畫並於同年通過環評。
深澳發電廠所在地台北縣瑞芳鎮絕大多數民眾肯定電廠更新擴建計畫及卸煤碼頭之規劃，但目前部分的基隆民代、國立海洋科技博物館籌備處及環保團體對於卸煤碼頭則持反對意見，認為興建卸煤碼頭將影響海洋生態以及地方的觀光發展，並且要求台電公司另外尋找卸煤碼頭之替代方案。
對此，台電公司曾請國內專業學術單位及顧問公司進行深入之研究評估。就海洋生態而言，依據中研院生物多樣性中心的海底攝影結果顯示，卸煤碼頭預定地的現有人工魚礁區因淤砂情形嚴重且魚礁上方多被漁網或沉積物覆蓋，聚魚效果不佳，魚類種類和生物量都偏少。反觀同時間於協和發電廠防波堤海下實地拍攝結果，珊瑚礁生長情形優良，聚魚效果良好。此外，日本那霸港自1976年起擴建新防波堤，完工後即有珊瑚蟲陸續附著在防波堤上生長，約10年後已完全恢復原有美麗的珊瑚礁，證明防波堤並非生態的殺手。
有關地方觀光發展方面，由於蕃子澳海岸目前多已滿佈消波塊及塊石，興建卸煤碼頭後可為當地海域帶來良好保護，可藉此適度恢復自然海岸，台電公司亦配合卸煤碼頭之規劃完成「蕃子澳灣蔚藍海岸風貌營造計畫」，將防波堤打造為深澳觀光漁人碼頭，並進行海灣之美化，該項規劃可與海科館共同創造海洋科技觀光園區，串連東北角觀光景點，增加民眾駐留賞景時間，可促進地方發展，與地方共生共榮。
至於是否有適合之卸煤碼頭替代方案，經評估無論在深澳灣的中油油港建卸煤碼頭或利用基隆港、蘇澳港或台北港轉運，皆需付出更大的社會代價。因此仍以行政院已核定並通過環評之卸煤碼頭方案為最可行的供煤方式。
有關監察院於98年曾就台電公司於辦理深澳計畫相關溝通說明活動過程中不符法定「公開邀請」、「舉行會議」意旨，亦未及時補正等提出糾正乙事，台電公司已向監察院陳述因環評作業準則經過多次修正，至98年4月後才有公開邀請當地居民舉行會議之具體作法可供遵循，故93年1月開始進行之溝通工作及記錄整理未能完全符合法規修訂後之要求；惟本計畫環評報告係於94年2月送審、95年6月審查通過，所載溝通內容均屬實。於97年9月完成「蕃子澳灣蔚藍海岸風貌營造計畫」之規畫後，台電公司即密集與地方各界溝通，辦理多場說明會及文宣等溝通工作，過程均符合「公開邀請」、「舉行會議」之規定。
目前台電公司除依行政院指示再評估其他可能之卸煤碼頭替代方案，並持續努力與地方民眾溝通，台電表示，除了舊有機組的拆除作業之外，台電公司不會進行新建機組或卸煤碼頭有關之任何開發行為，99年度所編列之預算亦與卸煤碼頭無關。