自七十年代起，墾丁核三廠附近海域不定期的出現珊瑚白化現象，開始受到重視與宣導。本公司基於保護環境生態的一貫理念，進行各項調查研究工作，並進行防制措施。

珊瑚白化原因：
　　珊瑚於水溫、濁度、鹽度等環境因素超過其可適應範圍時，即排出組織內共生藻，失去顏色而白化。
　　依據台大海洋研究所戴昌鳳教授七十八年六月至八十二年十一月之研究結果，南灣海域珊瑚礁生態系污染源，影響範圍大小及嚴重性依序為：

•沈積物污染
•有機質污染
•遊客破壞
•核三廠溫排水

本公司珊瑚白化改善計畫：

        溫排水改善措施：

•改善核三廠出水口導流堤結構設計，使溫排水漂浮於海水表層，以避免影響水深五公尺以深之珊瑚生長密集區。
•增設二台熱稀釋泵，並於七十八年五月完成增大稀釋水泵容量百分之十之改善工程。
•核三廠南灣冷水源調查：八十三年一月委託美國科技系統公司及台大海洋研究所共同辦理，研究結果將作為進水口改善工程之參據。
•溫排水水溫監測工作：七十三年七月（核三廠一號機開始運轉）辦理迄今，一有異常即配合採取運轉管制措施

        運轉管制措施：

•溫排水之出水口水溫超過攝氏三十四度或炎夏期間（七月至九月）超過攝氏三十三度，即啟動熱稀釋泵運轉。
•當熱稀釋泵不能運轉且進水口溫度達攝氏二十九度時，機組發電量不得超過百分之八十。
•值班人員（反應器輔助運轉員）每隔四小時記錄進出水口水溫。
•當值班工程師接獲通知水溫超過標準時，即下令機組降載，降載幅度以水溫不再超過標準為原則。

本公司珊瑚保育復育計畫：

        珊瑚海域生態預警系統之發展與建立： 七十八年六月委託中山大學完成珊瑚影響之預警系統。

        電廠附近海域珊瑚資源培育與復育之研究：七十八年六月至八十二年十一月委託台灣大學辦理；八十三年一月起委託中山大學辦理迄今。

　　核三廠排水口附近珊瑚群聚之復育：八十二年十二月委託台灣大學辦理。

本公司珊瑚生態監測措施：

        屏東南灣海域珊瑚及水質環境監測：七十八年起委託中山大學辦理迄今。
       
        本公司自七十七年起，每年夏季（七月至九月）至少每週一次派員潛水實地觀察珊瑚生長實況，並按月拍照存查。　　
       

本公司贊助珊瑚礁保育綜合計畫：

        本公司自八十七年開始贊助墾丁國家公園管理處辦理南灣海域珊瑚礁保育綜合計畫迄今。
       

        畸形魚

        民國八十二年七月下旬，台北縣金山鄉環保人士於核二廠溫排水出水口近旁捕獲體長一至二公分的花身雞魚及大鱗鯔（豆仔魚）的畸形魚苗及幼魚，因其形狀頗似布袋戲被的駝背怪客（秘雕），由環保聯盟戲稱為「秘雕魚」，於同年八月經傳播媒體報導後，畸形魚問題即廣受國人的關切與重視。

        當時畸形魚發生的實際情況如下：

        •畸形魚的魚種只發現花身雞魚及大鱗鯔兩種。
        •畸形魚出現在核二廠出水口近旁五十公尺的小範圍內。
        •畸形魚的出現與季節有關，譬如畸形魚出現比例以八月份最高，大多是一至二公分的魚苗，當時採樣區的水溫高達攝氏三十八度至三十九度。至九月，當地水溫已降至攝氏三十二度至三十三度，冬季更降至攝氏二十二度左右，而在九月下旬後所採獲的魚苗已無畸形現象。
        •畸形魚事件發生後，對於畸形魚的成因引起學者或相關單位、團體不同的揣測，在成因不明、眾說紛紜的情況下，政府為求客觀公正，決定由行政院環境保護署成立畸形魚原因鑑定小組，展開為期一年的科學鑑定工作。

　　環保署的鑑定報告已指出畸形魚今後每年夏天都可能會在核二廠出現。雖然核二廠出水口改善工程已使畸形魚不再大量發現於導流堤旁之岸邊溪口（八十二年畸形魚大量發現之處），但仍無法阻止性喜高溫的花身雞魚及豆仔魚之魚苗游入攝氏三十六度以上高溫的出水口內及導流堤旁邊的水域，因此每年六至九月在出水口內或其附近，當水溫超過攝氏三十六度以上時就有可能產生畸形魚。事實上根據學術單位的調查，八十四年六月初已測得在出水口西堤旁的水溫已超過攝氏三十六、三十七度，果然六月中旬在該處已可陸續發現若干畸形魚苗出現，只是情形不如八十二年嚴重，而在其他水溫較低處則未發現畸形魚。

　　畸形魚之產生與核二廠出水口之設計有關，因出水口港灣內面積寬廣，內有溫度較低水流平緩處可容許魚苗存活下來，而出水口之向外開口處水深達8-10公尺，溫水在上層，冷水在下層，魚苗可輕易由底層游入出水口內，難以阻擋。目前儘量採取其它回饋資源及環境的措施，如種苗放流、投放人工魚礁、贊助與生態保育與海洋環境保護相關之教育宣導、研究調查或實際之棲地復育工作等等。