蘭嶼低放貯存場位居蘭嶼島東南方海岸線旁,逐坡而建,貯存場內各項結構之耐震設計,均依據「建築技術規則構造篇」有關耐震設計相關條款之規定辦理。
台電公司於98年6月為進行蘭嶼低放貯存場十年再評估報告,重新檢核各貯存溝耐震設計,該報告顯示設計地表水平加速度達0.45g,貯存溝等設施相當於可承受「交通部中央氣象局地震震度分級表」七級震度以上之地震。
另,東側沿海區域築有護岸約1300公尺,採用「混凝土及漿砌卵石混合重力式複合斷面」設計,堤頂寬度達1公尺,高度為海拔12.5公尺,而貯存溝位置之高程分別為11、14、16、22及28公尺,可防止海嘯之侵襲。
蘭嶼低放貯存場經海嘯模擬分析結果,海嘯造成的海水溢淹高程最高達5.96公尺,低於結構物所在基地高程(高程11公尺) ,對蘭嶼低放貯存場無安全影響。